Der Bentota mündet durch ein komplexes Ästuar-System in den Indischen Ozean, das einen der zugänglichsten Mangrovenwälder Sri Lankas schützt, ein brackiges Band-Ökosystem, das sich elf Kilometer landeinwärts von der Küste erstreckt. Die Mangroven hier – vorwiegend Rhizophora- und Avicennia-Arten – bilden dichte Luftwurzelnetzwerke, die Sedimente stabilisieren, Meerwasser filtern und einen wichtigen Lebensraum für junge Fische, Krebstiere und Weichtiere bieten, die die Fischereiwirtschaft der Region stützen. Bei Patrouillen in den oberen Flussläufen am frühen Morgen werden regelmäßig Wasserwarane gesichtet, die über 1,5 Meter lang werden und auf freiliegenden Wurzeln sonnenbaden oder sich mit schlangenartiger Effizienz zwischen den Inseln bewegen. Bentotas strategische Lage zwischen Colombo und Galle machte den Fluss zu einem umkämpften kolonialen Ankerplatz; holländische und portugiesische Kaufleute nutzten das Ästuar als Flachwasserhafen für den Umschlag von Zimt und Gewürzen im 17. und 18. Jahrhundert und hinterließen zerfallende Festungen, die heute von Feigenbäumen und Frangipani zurückerobert werden. Die moderne Bedeutung des Flusses liegt eher im Naturschutz als im Handel. Der Mangrovengürtel fungiert als natürliche Barriere gegen Küstenerosion und zyklonale Sturmfluten, eine Rolle, die nach dem Tsunami von 2004 an Bedeutung gewann, als die Schutzfähigkeit intakter Feuchtgebietssysteme entlang der Südwestküste Sri Lankas deutlich wurde. Seit 2006 initiierte Wiederherstellungsprojekte haben die Mangrovenbedeckung um etwa 140 Hektar erweitert und Pufferzonen geschaffen, die Reiher, Eisvögel und Weißbauch-Seeadler unterstützen. Bentota-Flusssafari- und Kajaktouren finden das ganze Jahr über statt, wobei die Sichtweite in den trockenen Monaten von Dezember bis März am besten ist, wenn das Wasser klarer wird und sich wandernde Watvögel – darunter Wüstenregenpfeifer und Rotschenkel – an den durch abfließende Gezeiten freigelegten Schlickflächen konzentrieren. Der Gezeiteneinfluss des Flusses reicht fast vier Kilometer flussaufwärts und schafft einen Brackwassergradienten, der unterschiedliche ökologische Zonen unterstützt: salztolerante Mangroven in der Nähe der Mündung gehen in Süßwasserpalmen und Pandanus-Dickichte über, wo der Bentota Ganga auf seine Nebenflüsse trifft. Geführte Bootsausflüge navigieren durch diese Zonen in flachen Booten und verlangsamen das Tempo, um Krokodile in den oberen Kanälen und Flughunde in den Tamarindenhainen am Flussufer zu beobachten. Der Fluss bleibt einer der wenigen Orte im Südwesten Sri Lankas, an denen Besucher die Artenvielfalt der Feuchtgebiete ohne umfangreiche Überlandreisen beobachten können, direkt erreichbar von der Hotelzone in Bentota innerhalb weniger Minuten.